根据福建教育考试院发布《2016年普通高校招生本科二批常规志愿投档最低分》可知，2016年福建中医药大学（闽台合作）二本录取分数线公布，其中福建中医药大学（闽台合作）理工投档最低分417，文史投档最低分487，具体如下：

批次

院校代号

院校名称

理工投档最低分

文史类最低投档分

本科二批

1020

福建中医药大学（闽台合作）

417

487

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